Inaugurato nel 1906 come Padiglione dell'Esposizione Internazionale di Milano svoltasi in occasione dell'apertura del Traforo del Sempione, è uno degli acquari più antichi del mondo. Divenne Stazione Idrobiologica nel 1908 e da allora operò come sezione del più grande Museo di Storia Naturale diventando Istituto Autonomo nel 1968. Donato dagli enti costruttori al Comune di Milano ne fa ancora parte oggi dipendendo dalla Direzione Centrale Cultura. Fin dall'inizio ospitato in un prestigioso edificio liberty di forma ellittica è opera dell'Architetto Sebastiano Locati. All'esterno è arricchito di antichi ornamenti. Si possono ammirare tondi a rilievo di pesci, crostacei, aragoste, tartarughe e vegetali acquatici scolpiti in cemento dalla ditta dei Fratelli Chini. Inoltre abbondanti inserti di piastrelle realizzate in gres ceramico dalla ditta Richard Ginori riproducono con toni azzurri, gialli, viola, bianchi, la flora e la fauna del mare. Al centro della facciata, completamente rivestita di pietra artificiale, troviamo una colossale finestra seminascosta da un'importante statua di Nettuno che brandisce il tridente. Sotto si trova un'altra finestra a semicerchio e una piccola fontana a livello del terreno alimentata da una testa di ippopotamo. Due altre finestre laterali sono invece adornate da due rostri aggettanti con putti. L'acquario è dotato di tre ingressi. A causa dei bombardamenti del 1943 l'interno dell'edificio ha subito grandi trasformazioni. Chiuso nel 2003 per un radicale restauro e ammodernamento è stato riaperto al pubblico nel 2006 presentandosi, con veste innovativa, non più come la "casa dei pesci", ma piuttosto come il luogo dove si studia e si rappresenta l'elemento che li contiene: l'acqua dal suo nascere come ruscello montano fino al suo riversarsi nel mare. La ristrutturazione ha previsto un profondo cambiamento nella parte espositiva delle vasche che riproduce ecosistemi caratteristici della Lombardia. In questo modo gli ambienti dell'acquario milanese si collocano nella realtà territoriale. Vi sono 25 vasche rinnovate e una sala ellittica con moderno apparato espositivo e informativo. All'interno dell'edificio si svolge una duplice attività didattico-espositiva e di ricerca scientifica incentrata sulla piscicoltura sperimentale e la pesca in acqua dolce, mentre uno spazio è stato riservato alle collezioni degli invertebrati. Seguono ambienti a piano terra, al piano interrato e uffici al primo piano, dove è stato creato ex-novo un giardino d'inverno aperto al pubblico. Sempre al primo piano si accede alla biblioteca specialistica, una delle più fornite in Italia e in Europa, altamente attrezzata tecnologicamente e imodernata. Attraverso l'Istituto per gli Studi sul Mare vengono realizzati corsi teorici e pratici di biologia marina rivolti al grande pubblico.